微孔滤膜的主要功能是从气相或者液相中截留微粒，细菌及其他杂质，以达到分离，净化，提纯的目的。因此选择滤膜要考虑以下几个因素：
 

　　1.滤膜的材质(化学兼容性)：选择滤膜时，首先要考虑化学相容性。滤器是否耐酸、碱、有机溶剂等。具体参见滤膜化学相容性表。
 

　　2.滤膜的孔径：根据需要过滤的分子或颗粒的大小来确定正确范围的滤膜孔径。
 

　　3.样品的特性：
 

　　1)亲水性样品：选用亲水膜片。对水有亲和力，适合过滤水为基质的溶液。可用的滤膜有：混合纤维素膜，聚醚砜等。
 

　　2)强腐蚀性有机溶剂：一般采用疏水性膜。如PTFEM，聚丙烯(PPM)等材质的滤膜
 

　　3)蛋白溶液：选择低蛋白吸附的滤膜，如PVDF滤膜。
 

　　4)离子色谱：通常认为PEs滤膜比较适合低无机离子的溶液的过滤。